V tomto úseku nebude chodiť 8 osobných vlakov a 2 rýchliky. InterCity (IC) 405 Tatran a IC 402 Šariš do a z Bratislavy hlavnej stanice pôjdu odklonovou trasou cez bratislavskú spojku. Predpokladané meškanie IC 405 z Bratislavy hlavnej stanice do Košíc a IC 402 z Bratislavy-Petržalky do Viedne je 25 minút.
Medzi železničnými stanicami Bratislava hlavná stanica – Bratislava Nové Mesto môžu cestujúci využiť MHD Bratislava.
V sobotu 10. októbra a v nedeľu 11. októbra 2009 budú v úseku Bratislava Nové Mesto - Bratislava hlavná stanica a späť odrieknuté osobné vlaky (Os) a rýchliky (R):
· Os 4324 (Komárno – Bratislava hl. st., príchod do Bratislavy N. M. o 8.29 h)
· Os 4326 (Komárno – Bratislava hl. st., príchod do Bratislavy N. M. o 11.09 h)
· Os 4346 (Dunajská Streda – Bratislava hl. st., príchod do Bratislavy N. M. o 13.12 h)
· Os 4323 (Bratislava hl. st. – Komárno, odchod z Bratislavy N. M. o 10.52 h)
· Os 4325 (Bratislava hl. st. – Komárno, odchod z Bratislavy N. M. o 13.15 h)
· Os 4345 (Bratislava hl. st. – Komárno, odchod z Bratislavy N. M. o 15.40 h)
· Os 2015 (Kúty – Bratislava N. M., príchod ho Bratislavy hl. st o 9.20 h)
· Os 2014 (Bratislava N. M. – Kúty, odchod z Bratislavy hl. st. o 14.40 h)
· R 270 Rastislav (Bratislava N. M. – Břeclav, odchod z Bratislavy hl. st. o 14.54 h)
· R 271 Rastislav (Břeclav – Bratislava N. M., príchod do Bratislavy hl. st. o 6.53 h)
Od pondelka 12. októbra do štvrtka 15. októbra 2009 budú v úseku Bratislava Nové Mesto - Bratislava Hlavná stanica a späť odrieknuté bez náhrady osobné vlaky:
· Os 4324 (Komárno – Bratislava hl. st., príchod do Bratislavy N. M. o 8.29 h)
· Os 4326 (Komárno – Bratislava hl. st., príchod do Bratislavy N. M. o 11.09 h)
· Os 4346 (Dunajská Streda – Bratislava hl. st., príchod do Bratislavy N. M. o 13.12 h)
· Os 4323 (Bratislava hl. st. – Komárno, odchod z Bratislavy N. M. o 10.52 h)
· Os 4325 (Bratislava hl. st. – Komárno, odchod z Bratislavy N. M. o 13.15 h)
· Os 2015 (Kúty – Bratislava N. M., príchod ho Bratislavy hl. st. o 9.20 h)
· Os 2011 ((Kúty – Bratislava N. M., príchod ho Bratislavy hl. st. o 7.41 h)
V utorok 6. októbra 2009 sa končí úplná modernizácia 4. nástupišťa na bratislavskej hlavnej stanici. Vlaky, ktoré boli z tohto dôvodu zmenené, budú od stredy 7. októbra 2009 opäť jazdiť podľa platného cestovného poriadku 2008/2009.